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对于透射式,在UV,U激发时一般用优良的消色差物镜即可,在可见光B与G激发时,用半复消色差或复消色物镜最为合适,用齐明物镜也可以,虽然齐明物镜象场不平,然而高倍物镜用于对边缘分辨力要求不高的试样。一般中等以下倍率,干物镜适用于暗场照明。高倍率的浸液物镜不适合暗场照明,因为暗场聚光镜照明锥光束会进入物镜。浸液式物镜比干镜头更适宜作落射照明,因为空气—玻璃界面反射光远比玻璃—浸液界面反射光多。荧光显微镜

       (2)激发光不必透过载玻片,因而减少损失,而且激发光与荧光对物镜而言方向相反,分得很开不可能产生互相干扰,就是有部分反射激发光进入物镜后也被二向色分光镜反射至光源,仅有极小部分透过,使截止滤色片负担小,可制成较薄的片;

　　(1)物镜兼作聚光镜,就没有聚光镜的定中与调焦问题,而且物镜的数值孔径随倍率而增大,荧光图像亮度也随之提高;
　　　
　　(4)落射荧光的物镜因要通过紫外区光谱,因此必须要考虑紫外段的透过率,为此专门研制UV2F透紫外区荧光物镜系列,而透射式则不必。
　　
　　
　　(3)用透射式激发时,大部分荧光产生于切片底部,必须透过切片射出,而且还会产生散射。而落射照明和观察面在同一表面,荧光图象亮度毫无损耗,而且对象质也无影响,特别对厚的切片,如菌落和组织培养等更具有独特的功能;偏光显微镜

　　对于目镜没有特殊要求。
　　
　　由两种基本形式组合,具有更大机动性,适应各种研究需要。
　　
　　荧光检测自1908年第一台荧光显微镜问世以来,不断地得到改进和完善。高压汞灯的出现;多层镀膜技术满足了激发和截止滤色片的要求;高性能优质光学系统的荧光显微镜出现,也促使了80年代免疫荧光的发展。90年代问世的激光扫描共焦显微镜能进行荧光图像分析,测定细胞内的荧光分布和组织切片的荧光分布测定;还可实时获得相衬—荧光重叠图像和双重荧光标记的原色图像,它是在荧光显微镜基础上发展起来的光、机、电、算一体化的新一代产品。跨入新世纪后,荧光检测和荧光显微镜将会得到更迅猛的发展。

　  图中透射(明场或暗场)用来搜索定位,也可以用来比较荧光部位和不发荧光部位的细微结构;(d)和(e)也有相同的功能。(d)中使用相衬时,要用相衬物镜,交替进行荧光观察和相衬观察,进行比较;(e)中偏光观察适用于双折射物质,(c)中落射荧光和透射荧光的组合适用于双重染色,如同时进行FITC和TRITC双重染色,则可用落射观察TRITC,用透射观察FITC标识过的部位。